Intitolata a Santa Maria della Carità, fu fatta costruire ed affrescare tra il 1303 ed i primi mesi del 1305 - a beneficio della sua famiglia e dell'intera popolazione padovana - da Arrigo (o Enrico) degli Scrovegni il quale intendeva, con tale opera, redimere la fama del padre Reginaldo, noto usuraio. Giotto, dopo un soggiorno a Rimini, venne chiamato ad affrescare la cappella, di fatto la prima opera sicura e datata di Giotto.
Le pareti dell'oratorio sono lisce, senza nervature, perfette per la stesura di affreschi, mentre il soffitto è coperto da una volta a botte; opposta all'entrata si apre una parete con un coretto. Giotto stese gli affreschi su tutta la superficie, organizzati in quattro fasce dove sono composti i pannelli con le storie vere e proprie divisi da cornici geometriche. In basso una fascia con finti quadri marmorei e le rappresentazioni dei Vizi e virtù; poi due fasce sovrapposte con Storie di Cristo, che da un lato sono intervallate dalle finestre; nel registro più alto Storie della Vergine e Storie di San Gioacchino e Sant'Anna; analoga divisione in fasce continua sulla parete sfondata dal coretto, mentre su quella opposta (la controfacciata) è rappresentato in tutta la grandezza il Giudizio universale, che conclude la vicenda dell'umana redenzione; chiude il tutto la volta con stelle su un cielo azzurro attraversato da una fascia centrale con busti di Profeti con al centro il Cristo entro losanghe e quadrilobi.
Nella cappella si conserva tuttora una grande Madonna con Bambino e Angeli di Giovanni Pisano scolpita nello stesso periodo, che rappresenta un altro capolavoro.
La cappella, acquisita dalla municipalità di Padova nel 1880 e periodicamente restaurata, era originariamente collegata attraverso un ingresso laterale al palazzo della famiglia Scrovegni (oggi non più esistente), che fu fatto erigere seguendo il tracciato ellittico dei resti della vicina arena romana che oggi costituisce il giardino antistante l'edificio. L'esterno della cappella si presenta come una costruzione - più volte modificata nel corso dei secoli - con mattoni a vista e tetto a due falde.
