La chiesa di San Giovanni in Valle, con la sua facciata in tufo, del 1300 circa, presenta un portale e un protiro pensile appoggiato a colonnine di marmo rosso, con affresco attribuito a Stefano da Zevio. Sulla destra della facciata si possono vedere il campanile con la parte inferiore romanica e quella superiore del XVI secolo e le ali del chiostro con archi a tutto sesto e colonnine in marmo rosso. Sono presenti anche le absidi romaniche con decorazioni scultoree a motivi vegetali e scene di caccia. L’abside settentrionale si differenzia con rivestimento a fasce alternate di tufo e cotto e lesene con capitelli corinzi raffiguranti leoni con le zampe appoggiate alle foglie d’acanto. Vicina alla chiesa, la canonica mostra resti della struttura del XII secolo.
L’interno della chiesa è a tre navate, divise da pilastri e colonne di marmo rosso. La chiesa era affrescata con dipinti dal XII al XV secolo, di cui però rimangono solo pochi resti. La cripta risale al V-VI secolo e fu costruita su un’antica necropoli. Divisa in tre navate, la parte anteriore è d’epoca post-carolingia, quella posteriore, invece conserva due sarcofagi romani in marmo greco. Sul muro sinistro si trova il sarcofago paleocristiano, la cosiddetta arca dei SS. Simone e Giuda (seconda metà del IV secolo.), scolpito con scene del Vangelo, episodi dell’Antico Testamento e, sul coperchio, le figure dei due Apostoli. Sul muro di destra è appoggiato il sarcofago pagano del III secolo d.C., dedicato a una coppia di sposi raffigurati al centro di una conchiglia, sotto cui è scolpita una scena agreste. Agli angoli, due figure romane cui è stato troncato il braccio in epoca medievale, per adattarli alle figure dei SS. Pietro e Paolo. Rimangono affreschi della scuola dell’Altichiero e decorazioni pittoriche del XIV secolo.